Website tracks swine flu across the US in near-real time

(05.11.2018) Influenza A Virus (IAV) causes respiratory disease in swine and is a zoonotic pathogen. Uncontrolled IAV in swine herds not only affects animal health, it also impacts production through increased costs associated with treatment and prevention efforts.

The Iowa State University Veterinary Diagnostic Laboratory (ISU VDL) diagnoses influenza respiratory disease in swine and provides epidemiological analyses on samples submitted by veterinarians.

To assess the incidence of IAV in swine and inform stakeholders, the ISU FLUture website was developed as an interactive visualization tool that allows the exploration of the ISU VDL swine IAV aggregate data in the clinical diagnostic database.


The information associated with diagnostic cases has varying levels of completeness and is anonymous, but minimally contains: sample collection date, specimen type, and IAV subtype. Many IAV positive samples are sequenced, and in these cases, the hemagglutinin (HA) sequence and genetic classification are completed.

These data are collected and presented on ISU FLUture in near real-time, and more than 6,000 IAV positive diagnostic cases and their epidemiological and evolutionary information since 2003 are presented to date.

The database and web interface provides rapid and unique insight into the trends of IAV derived from both large- and small-scale swine farms across the United States of America.

ISU FLUture provides a suite of web-based tools to allow stakeholders to search for trends and correlations in IAV case metadata in swine from the ISU VDL.

Since the database infrastructure is updated in near realtime and is integrated within a high-volume veterinary diagnostic laboratory, earlier detection is now possible for emerging IAV in swine that subsequently cause vaccination and control challenges.

The access to real-time swine IAV data provides a link with the national USDA swine IAV surveillance system and allows veterinarians to make objective decisions regarding the management and control of IAV in swine. The website is publicly accessible at http://influenza.cvm.iastate.edu .

Publication

ISU FLUture: a veterinary diagnostic laboratory web-based platform to monitor the temporal genetic patterns of Influenza A virus in swine
Zeller et al.
BMC Bioinformatics (2018)
DOI: 10.1186/s12859-018-2408-7



Artikel kommentieren

Weitere Meldungen

TWINCORE Seminar: Prof. Dr. Silke Stertz über neue Influenza A Viren in Fledermäusen

TWINCORE Seminar: Prof. Dr. Silke Stertz über neue Influenza A Viren in Fledermäusen

Silke Stertz, Assistenz-Professorin der Molekularen Virologie am Insitut für Medizinische Virologie der Universität Zürich spricht am 16. April 2019 über neue Influenza A Viren in Fledermäusen
Weiterlesen

Schakale beim Verzehr von Wasservögeln in Namibia; Bildquelle: Gábor Czirják/IZW

Nahrung spielt wichtige Rolle für Influenza-A-Infektionen bei afrikanischen Säugetieren

Obwohl Influenzaviren weit verbreitet sind, weiß man überraschend wenig über Infektionen bei wild lebenden Säugetieren
Weiterlesen

Universität Zürich

Influenzaviren von Fledermäusen könnten auf Menschen überspringen

Fledermäuse sind nicht nur Träger tödlicher Ebolaviren, sondern auch ein Reservoir neuartiger Influenzaviren
Weiterlesen

Hans-Hermann Thulke und sein Team modellieren, wie sich die Afrikanische Schweinepest ausbreitet. Sie liefern damit europäischen Behörden wichtige Entscheidungsgrundlagen.; Bildquelle: André Künzelmann / UFZ

Modelle im Kampf gegen die Afrikanische Schweinepest

Die Europäische Behörde für Lebensmittelsicherheit EFSA (European Food Safety Authority) hat einen neuen wissenschaftlichen Bericht zum aktuellen Stand der Ausbreitung der Afrikanischen Schweinepest (ASP) innerhalb der EU veröffentlicht
Weiterlesen

Professor Guus Rimmelzwaan; Bildquelle: Levien Willemse

Professor Guus Rimmelzwaan erhält Alexander von Humboldt-Professur

Am 8. Mai 2018 verlieh die Bundesministerin für Bildung und Forschung, Anja Karliczek, gemeinsam mit dem Präsidenten der Alexander von Humboldt-Stiftung, Hans-Christian Pape, in Berlin die höchstdotierten Forschungspreise Deutschlands
Weiterlesen

Bundesverband der beamteten Tierärzte

Veterinärrechtliche Eingriffsmöglichkeiten bei der Afrikanischen Schweinepest

Bundesverband der beamteten Tierärzte fordert eindeutiges Bekenntnis der Agrarministerkonferenz zu erweiterten veterinärrechtlichen Eingriffsmöglichkeiten
Weiterlesen

Schweiz

Nationales Früherkennungs-Programm zur Afrikanischen Schweinepest

Um eine mögliche Ansteckung von heimischen Wildschweinen rasch zu erkennen und eine Ausbreitung in der Wildschweinepopulation zu verhindern, wurde ein nationales Früherkennungsprogramm erarbeitet
Weiterlesen

NABU

NABU lehnt Jagdverband-Vorschlag zur Bekämpfung der Schweinepest ab

Der Deutsche Jagdverband hat sich in einem jetzt vorgestellten Sechs-Punkte-Plan zur Bekämpfung und Vorbeugung der Afrikanischen Schweinepest für die Aufhebung von Jagdverboten in Naturschutzgebieten ausgesprochen
Weiterlesen


Wissenschaft


Universitäten


Neuerscheinungen